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学校坚持走产学研一体化道路,发挥大综合、强应用的学科优势,在许多具有区位优势和特色的研究领域取得了突破性进展。近年来,主持国家“973计划” 项目2项、国家“863计划”课题4项、国家科技支撑计划项目6项、国家哲学社会科学重大招标项目6项,取得科研成果300余项,获省部级以上奖励200余项。学校现有国家国际科技合作基地3个,省部共建国家重点实验室培育基地2个,教育部省部共建重点实验室2个,教育部工程中心2个,国家地方联合工程研究中心1个、国家地方联合工程实验室2个,兵团重点实验室4个,兵团工程技术研究中心3个,兵团协同创新(培育)中心4个。自治区教育厅重点实验室4个,自治区和兵团文科重点研究基地4个。

自然科学
国家国际科技合作基地
动物健康养殖国际联合研究中心新疆地方性高发病国家国际科技合作基地
绿洲作物高效生产与农业环境保护国家国际科技合作基地
省部共建国家重点实验室培育基地
新疆兵团绿洲生态农业国家重点实验室培育基地新疆兵团化工绿色过程国家重点实验室培育基地
教育部省部共建重点实验室
新疆地方与民族高发病教育部省部共建重点实验室 新疆植物药资源利用教育部重点实验室
农业部重点实验室
农业部西北农业装备重点实验室
教育部工程中心
新疆特色果蔬贮藏加工教育部工程研究中心绿洲农业工程与信息化教育部工程研究中心
国家地方联合工程研究中心
特色果蔬国家地方联合工程研究中心 空间信息获取与应用技术国家地方联合工程实验室
国家地方联合工程实验室
特色作物生产机械装备国家地方联合工程实验室空间信息获取与应用技术国家地方联合工程实验室
兵团重点实验室
绿洲生态农业兵团重点实验室新疆特种植物药资源兵团重点实验室
新疆地方与民族高发病兵团重点实验室现代农业机械兵团重点实验室
化工绿色过程兵团重点实验室现代节水灌溉兵团重点实验室
动物疾病防控兵团重点实验室特色果蔬栽培生理与种质资源利用兵团重点实验室
绿洲城镇与山盆系统生态兵团重点实验室环境监测与污染物控制兵团重点实验室
兵团工程技术研究中心
新疆兵团特色果蔬加工工程技术研究中心兵团空间信息工程技术研究中心 
材料化工工程技术中心
兵团协同创新(培育)中心
棉花生产技术现代化协同创新中心西部地区高发人兽共患传染性疾病防治协同创新中心
氯碱化工清洁生产与产品高值化技术协同创新(培育)中心中亚文明与西向开放协同创新(培育)中心
自治区教育厅重点实验室
材料化工重点实验室动物遗传改良与疾病控制重点实验室
新疆绿洲农业病虫害治理与植保资源利用重点实验室农产品加工工程重点实验室
人文社会科学
兵团人文社科重点研究基地
兵团屯垦戍边研究中心
自治区普通高校人文社科重点研究基地
公司治理与管理创新研究中心兵团屯垦经济研究中心
新疆少数民族教育发展与教育政策研究中心
全讯600cc大白菜人文社科重点研究基地
新疆非物质文化遗产研究中心新疆社会治理现代化研究中心
中国特色社会主义理论体系研究中心兵团金融发展研究中心
棉花经济研究中心棉花经济研究中心
全讯600cc大白菜心理应用研究中心